前作の主人公・円堂守ら率いる日本代表選手「イナズマジャパン」が 世界大会で優勝した10年後、松風天馬はそんな円堂らイナズマイレブンに憧れ、雷門中学校に入学し、雷門サッカー部に入部。しかし、サッカー